目前，国内外使用的饲料大致有以下两类：动物性鲜活饵料、配合饲料。
（一）动物性鲜活饵料
鳄鱼龟摄食的鲜活饵料有水搔（稚鳄鱼龟开口阶段的饵料）、摇纹幼虫、黄蛆、河蚌、螺狮、野杂鱼、蝇蛆、蛆蜘、蚕蛹、畜禽下杂等。另外，新鲜的蔬菜、瓜果等也可以作为辅料。在实际运用中，鲜活饵料有的只能满足鳄鱼龟某阶段的营养需求，有些还因营养成分不全面，长期使用会引起一系列的副作用。
（二）配合饲料
鳄鱼龟健康养殖的关键之一是在整个养殖过程中投喂满足鳄鱼龟营养需求的配合饲料。实践证明，使用配合饲料的好处有以下几个方面。一是提高了饲料的营养价值。与单一饲料相比，配合饲料所含营养比较全面，不仅能满足鳄鱼龟不同阶段生长发育的需要，而且提高了各种养分的实际效能和蛋白质的生理价值，起到了取长补短的作用。二是减少疾病。在饲料加工过程中不仅能除去毒素，杀灭各种病原体，减少由饲料引起的各种疾病。加之配合饲料能满足鳄鱼龟对各种营养成分和维生素的需要，改善了鳄鱼龟的消化和营养状况，增强了抗逆力，同时还可以根据需要添加药物防病治病。三是通过加工增加了饲料的适口性，能减少饲料营养成分在水中的散失，提高利用率，降低饵料系数。四是全面权衡，配合饲料增重率比天然饲料高，成本比天然饲料低，特别是对一些价格低廉不能单独使用，营养价值又高的饲料，经处理后可作饲料的原料，扩大了饲料来源。因此，在具有一定生产规模的情况下，使用配合饲料是经济而又科学的。
