（一）孵化室的位置与规模
在每个温室一侧朝南设一孵化室，面积20-25 平方米。孵化室分内外二间，外间为控制室，面积5 平方米；内间为孵化室，15-20 平方米。内外间之间的隔墙设观察窗和通风气窗。年孵化能力2 . 5 万只稚鳄鱼龟，其孵化数量大于等于同一温室稚鳄鱼龟养殖数量。
（二）孵化室的结构
1 ．房基为一般生活用房基础，水泥地坪沿墙四周有一凹槽，稍向出水口一侧倾斜。
2 ．墙身均为双层墙，其结构和要求同稚、幼鳄鱼龟温室。其南墙均设双层木窗（杉木），并涂刷桐油三遍。除两侧的窗可开启外，其余均密封。内、外间的门不能设置在同一直线上，以防止热量散失。凡是可开启的门和窗，均需安装窗纱，以防蚊蝇等昆虫进入。
3 ．屋面、屋架和擦条其要求同稚、幼鳄鱼龟温室。但屋面需吊平顶（材料可用塑料薄膜、钙塑板或泡沫塑料板）。
4 ．加热系统孵化室可设蒸汽管和散热器，但自动控温结构较复杂，也可用电加温（如微晶远红外加热器等发热材料），其自动控温系统结构简单。
5 ．出壳池在孵化室北侧和西（或东）侧置6-8 个出壳池。该池用砖砌，水泥抹面，长x 宽x 高为65 厘米x65 厘米x 15 厘米。其内有四个砖墩，长X 宽X 高为5 厘米x5厘米x10 厘米，以便鳄鱼龟卵出壳时孵化箱搁在此墩上。出壳池内放3 厘米深水，池一角设出水口。出壳池边为一水槽，上具自来水（无游离氯）作为孵化用水。
6 ．孵化箱和孵化木架孵化木箱用杉木板（厚1 , 5 厘米）制成，长X 宽x 高的规格为45 厘米x 45 厘米x5厘米，箱底有若干滤水孔（见图12 ）。通常以消毒后的中沙（粒径0.5-0.7 毫米）为孵化介质。每箱可放1-2 层鳄鱼龟卵，计120-240 枚。
室内设8-12 排木架，每排10-12 格，每格间距约15 厘米，可放一只孵化箱，以抽屉式排放。
7 ．控制台在孵化室外间紧靠内间一侧的观察窗下设一控制台，规格同办公桌，上设控温、控湿仪表。
8 ．防蚁沟外墙四周墙基用水泥抹面，在其外侧设一小凹沟，沟内能贮水，以防蚂蚁进入孵化室。
