鳄鱼龟卵的人工孵化方法有室外简易孵化池孵化、室内常温孵化、室内控温孵化等。作为工厂化养殖，其养殖规模大，鳄鱼龟卵的孵化必然是走集约化、规模化孵化之路，因此通常鳄鱼龟卵均采用室内控温孵化。
（一）龟卵的收集与入孵
1 ．收卵前的准备在鳄鱼龟产卵季节，每天应轮流开放一半产卵场。由于当天产的卵胚胎还未完全集中，过早搬动不仅影响胚胎发育，也不易区分卵是否受精。因此，通常产卵后隔一天再将卵收集起来进行孵化，这就容易造成在同一产卵场上埋有两批卵，一批是隔日产的卵，当天要收卵；另一批是当天产的卵，当天要在卵堆边作好标记。为提高工作效率，防止混淆损坏鳄鱼龟卵，可将产卵场编号后，先将单号产卵场用竹箔围起，阻止亲鳄鱼龟人内产卵，而开放双号产卵场使其进人产卵。翌晨只需对双号产卵场检查产卵窝数，作好标记，然后关闭双号产卵场，以供第二天收卵使用。与此同时，再开放单号产卵场，供第二天产卵用。如此循环往复，可大大提高工作效率。
收卵前应事先准备好收卵箱（45 厘米*45 厘米*8 厘米），收卵箱兼孵化箱，箱底与四周均有滤水孔。孵化用的黄砂必须选用河砂，而不能选用海砂或粉砂。海砂由于粒径大，不能用于孵化；粉砂含泥很高，通气条件差，在同样的条件下，用河砂的孵化率比用粉砂高1 倍。黄砂必须选用粒径0.5-0.6 毫米的中砂，其通气性能好，而且能长期保持适当的湿度。选取好的河砂必须消毒处理。通常用百万分之二十的漂白粉溶液将黄砂和孵化箱等用具消毒。也可将黄砂用清水充分清洗后，铺在水泥地上让阳光曝晒数日后备用。
收卵前先在箱底铺一层厚达3 厘米的中砂，含水量为7 ％-8 % ，并用“打孔板”（木板上钉有50-60 根圆木柱，直径为18 毫米，其顶端钝圆，形状与试管相似）在砂盘上打100-120 个凹窝。将孵化箱带至产卵场备用。
2 ．查卵在鳄鱼龟产卵季节，每天清晨在露水未干前仔细检查产卵场，以确定产卵场内亲鳄鱼龟是否产卵以及每窝鳄鱼龟卵的位置。卵穴位置的确定一是看砂纹。产卵场砂盘上原有的有规律性的砂纹被破坏，顺着鳄鱼龟的脚印寻找，可发现砂土被翻过的痕迹。二是看产卵场内的黄砂是否有凸起。一般产卵穴上的黄砂稍比周围高一些，而且凸起四周有鳄鱼龟爪拨动砂子掩埋鳄鱼龟卵的痕迹，其凸起顶部较光滑平坦，这是雌鳄鱼龟产卵后用腹甲磨光、压平砂堆的痕迹。发现产卵穴后，由于此时胚胎尚未固定，很难分清动物极与植物极，而且过早搬动也影响胚胎发育，因此只需用竹签在产卵穴上做好标记，待第二天清晨开始收卵。
3 ．收卵通常用毛竹片（长约50 厘米，宽1 . 5 厘米，厚0.3 厘米）作为挖穴拨砂工具。收卵时，根据查卵时所插的标记，依次将洞口覆盖的黄砂用竹片和手细心地扒开，将隔日产的卵取出。取出的卵先检查是否受精，然后将受精卵整齐地排放在孵化箱内砂盘的凹窝内。通常卵与卵之间的距离为1 厘米，每排可放10-12 枚卵，每层放10 排，再铺上2 厘米厚的中砂，其上可再放一层卵，然后再铺上3 厘米的中砂，即可移入孵化室孵化。收卵时必须注意以下几点。
一是受精卵的壳顶有一白点（动物极），白点围边清晰圆滑，卵壳颜色鲜明，略显粉红色。不受精卵壳顶无白点或白点不明显或白点边缘模糊。
二是从产卵穴中取出的卵白点均向上，可直接放人孵化箱的砂盘的凹窝内，轻取轻放，切忌碰撞。放入凹窝内的卵白点必须向上，以保持与自然状态孵化的一致性。
三是产卵必须在每天的清晨进行。因鳄鱼龟卵卵壳很薄，通气性较好。如中午或傍晚收卵，天气较干燥，卵暴露在空气中时间稍长，卵内水分容易蒸发，致使卵的一端形成气室。该气室呈圆形白色亮区，极易与受精卵的白点（动物极）混淆。就是在清晨收卵，孵化箱内每层卵放好后，应及时用含水量7%-8 ％的中砂覆盖，以防止卵内水分蒸发，影响鳄鱼龟卵的孵化。
四是难以判定是否受精的鳄鱼龟卵，应集中专门放一个孵化箱，模糊的白点向上，并用含水量7 ％-8％的中砂覆盖。此箱卵另放一处孵化，待48 小时后，再检查处理。
五是最好每只孵化箱放同一天产的卵，最多以2-3 天内产的卵为一批，以便正确统计孵化时间。根据卵的胚胎发育阶段采取相应的措施，有利于稚鳄鱼龟同步出壳。六是及时做好现场记录。除记录当天的天气和日期外，还应记录产卵池号、窝号、卵的大小（可分大、中、小三档规格）、受精卵和未受精卵的数量以及放入孵化箱的箱号。
（二）孵化管理
工厂化养鳄鱼龟温室的孵化均在室内专用孵化室采用控温、控湿孵化柳化室设施见第五章）。将孵化箱放入孵化木架上，每箱均需标明放卵数和放卵时间。孵化室日常管理工作的中心是提高鳄鱼龟卵的孵化率。在生产上根据鳄鱼龟卵胚胎发育对环境的要求，可采取以下措施。
1 ．温度控制通常采用各种加温的方法（蒸汽、电加热、太阳能等）使室内气温保持33 ℃ 。通常需准备2 支温度计，其中一支插在砂盘中，另一支则挂在孵化室内，分别用来监测室温和黄砂温度。每天早、中、晚各检查一次，如孵化室气温达37-38 ℃ ，黄砂温度达35 ℃ ，则应采取通风、遮阳等降温措施。也可采取自动控温系统对孵化室温进行自动控制。
2 ．湿度控制室内应设置干、湿温度计，并经常在室内地坪上泼水，使空气的相对湿度保持在80%-85 ％。空气的相对湿度可采用干、湿温度计测定。干、湿温度计表盘上并列两个相等的温度表。左边的温度表和普通温度表相同，指示气温，称为干球；右边的温度表用一单层消毒纱布包着水银槽部分，并浸入盛水的水杯中，使其保持湿润，称为湿球。水杯的容水量很少，最好用蒸馏水，而不能用含有杂质的井水、硬水和自来水。湿球因水分被蒸发，常常显示比干球较低的温度。因此，只要查看干、湿温度计的温度之差和湿球的温度，便可从表10 中查到空气的相对湿度。
在晴朗、温度较高的天气，砂床的水分蒸发较快，因此要注意孵化箱内黄砂的湿度。如黄砂表面发白，但靠近卵的砂层尚保持湿润，黄砂温度未超过35 ℃ ，可不加水。如靠近卵的黄砂也开始干燥，可用喷壶喷洒少量凉开水。洒水时只要上层黄砂略带湿润即可，切不可在高温下大量洒水，以免降低砂层的通气性，造成胚胎因通气条件差而大量死亡。洒水后10 分钟，可用手将砂表层稍许松动，这样既可防止砂土板结，又能防止水分蒸发。
3 ．适时通风每天必须通风一次，以保持室内有足够的氧气。晴天温度高时，应在上午9:00-10:00 时打开窗户，进行通风换气。在室外温度较低时，可在下午气温最高时开窗换气。夜晚和雨天应及时关窗保温。
4 ．防止敌害孵化室的门、窗应严密，防止鼠、蛇、蚂蚁、蚊子、苍蝇等进入，如发现上述敌害生物，必须立即加以消灭，以免损坏和残害鳄鱼龟卵。
5 ．了解孵化进程刚开始孵化以及孵化后期，应每隔2-3 天检查1 次，在孵化中期可每周检查1 次。
6 ．做好孵化记录为了提高鳄鱼龟卵的孵化率，便于孵化管理，必须认真做好记录。记录内容包括每只孵化箱的进卵数量、进卵日期；每天最高、最低室温，最高、最低砂温；空气的相对湿度；稚鳄鱼龟的孵出日期、孵出数量，并计算孵化率。通过记录的原始数据分析，进一步提高鳄鱼龟卵孵化水平。通常如孵化管理得当，其孵化率可达90 ％以上。
（三）有关鳄鱼龟卵孵化问题的探讨
1 ．关于孵化介质的问题在孵化时，与鳄鱼龟卵直接接触的物质即称为孵化介质。通常孵化箱内的孵化介质为黄砂，其价格便宜，通气、保湿、恒温胜能好，是传统的孵化介质。但用黄砂作为孵化介质后，孵化箱的重量大大增加，造成搬运不便，劳动强度大。为此有些单位改用无毒的人造海绵作为孵化介质，已初见成效。其方法是仍在原来的孵化箱内先铺一层厚3 毫米的湿人造海绵作为底层，在其上再铺一层厚5 毫米的人造海绵，在其上均匀打上直径为2 . 6-2 . 8 厘米的小圆孔，然后将鳄鱼龟卵分别放在小圆孔上，鳄鱼龟卵就不会任意滚动，其上再盖一层厚3 毫米的人造海绵即可。人造海绵具良好的通气和保水性能，其重量轻，不仅降低了劳动强度，而且鳄鱼龟卵的胚胎发育也更容易观察。但缺点是卵的固定较麻烦，而且由于没有黄砂的缓冲作用，控制稳定的孵化条件较困难。
2 ．关于鳄鱼龟卵在孵化过程中能否翻动的问题一般认为由于鳄鱼龟卵的卵黄相对较大，外包少量稀薄的蛋白质，因此鳄鱼龟的胚胎抗震能力差，在搬动孵化箱时，必须小心轻放。而且鳄鱼龟卵无蛋白系带，在孵化过程中不能随意翻动，特别是孵化开始一个月内，切忌翻动，否则容易造成胚体受伤，影响孵化率。但近年来不少试验表明，鳄鱼龟卵动物极的放置方位，不论是正放、横放还是倒放，还是不同孵化阶段的分批倒置，对孵化率均无多大影响，关键是鳄鱼龟卵的质量以及孵化温度、湿度和通气条件等。但笔者认为这种试验均未用生物统计方法进行，而且也缺乏对其胚后发育的进一步观察，因此原则上还是应模拟鳄鱼龟卵在自然界孵化的要求：即动物极向上，卵静止不动。在检查鳄鱼龟卵的胚胎发育时，应轻轻拨开箱内砂层，取出鳄鱼龟卵检查后，仍应白点向上，原样放回原处为妥。
（四）稚鳄鱼龟的收集
鳄鱼龟卵的孵化时间长短取决于孵化累积积温。根据孵化温度记录，计算出平均孵化温度，然后被标准孵化积温相除，即可求算出稚鳄鱼龟的出壳时间。例如已知孵化累积积温为36000℃ ? 时，其平均孵化温度为32 ℃ ，则计算得：
36 000-（32*24 ) = 47 （天）
即在平均温度32 ℃ 时，鳄鱼龟卵需经47 天左右才能孵成稚鳄鱼龟。生产上可根据上述方法大致确定各箱鳄鱼龟卵的出壳时间。而具体的出壳时间根据应检查卵的壳面颜色而定。当发现壳面颜色由淡灰转为粉白色，则表明稚鳄鱼龟即将出壳。此时应将该孵化箱抽出，放在出壳池上，出壳池内放厚3 厘米的消毒细砂，加水3-5 厘米。如孵化箱数量较多，可数只交叉叠放在一起（有的单位将出壳池建在孵化架下面，出壳前2-3 天应将孵化箱从上层移到最下层）。
稚鳄鱼龟出壳时，用吻顶破卵壳，前后经过4-5 分钟紧张的挣扎，破壳而出。刚出壳的稚鳄鱼龟具趋水性。出壳后会爬出孵化箱跌入出壳池中，很快钻入砂中栖息。稚鳄鱼龟出壳时间多在后半夜至翌日凌晨。
另一种方法是人工诱导出壳。即在孵化积温值已达36000 ℃ ? 时，并有部分稚鳄鱼龟已出壳，卵壳颜色已全部由淡灰转为粉白，通过降温刺激可引发稚鳄鱼龟出壳。具体方法是将鳄鱼龟卵放入大盆中，加入水温为25-30 ℃ 的温水，以淹没卵壳为度。经10-15分钟的刺激，稚鳄鱼龟就可较集中地破壳而出。如10-15分钟浸泡后，稚鳄鱼龟仍不出壳，应立即取出放回原处继续孵化。利用人工诱导出壳方法简便，能使稚鳄鱼龟出壳时间缩短，而且集中出壳也便于管理。但人工诱导出壳的稚鳄鱼龟其脐部往往带有少量卵黄囊，因此不能和正常出壳的稚鳄鱼龟混在一起暂养，因为后者恢复快，觅食早，混在一起暂养易咬坏前者的卵黄囊而使其致病死亡。
