养殖鳄龟的水质好坏直接影响到鳄龟的生长发育和对疾病的抵抗能力。在集约化养殖鳄龟的池中，投喂高蛋白的配合饲料，残饵及鳄龟的排泄物沉入池底，有机物发生厌氧分解，产生硫化氢、氨等有毒物质，水质极易发生恶化，鳄龟的摄食、生长、生存都受到严重影响，最终导致疾病。例如，当水中氨的浓度超过100毫克/升浓度以上时，就会导致鳄龟的氨中毒，病鳄龟身体萎瘪，肋骨明显外露。因此，水对鳄龟养殖关系重大。养鳄龟先养水，保持良好、稳定的水质是日常管理中一项复杂、细致艰苦的工作，是集约化养鳄龟稳产、高产的根本保障。水的管理包括以下几方面。

　　1.保持水色正常鳄龟池良好、正常的水色应为油绿或深绿色。浮游植物以一些喜高温、喜肥的绿藻门、甲藻门、蓝藻门的种类，这些藻类繁衍使池水呈绿色，透明度低，对鳄龟起到隐蔽的作用。所以说，清澈见底的水不是好的鳄龟养殖用水。另外，鳄龟池中溶解氧的补给和水质的净化也是依靠水中浮游植物的光合作用来实现的。如果鳄龟养殖池水色变为暗褐色、黑色、灰蓝色或灰白色，同时池水表面形成一层厚厚的浮膜，则表明水质已严重恶化。

　　水质要求肥、嫩、爽，池水的透明度一般保持在20-25厘米。另外还要防止水质突变，其主要原因是池中浮游动物大量繁殖和浮游植物的过度繁殖。当浮游动物大量繁殖时，把水中的浮游植物的大部分吃掉了，影响了池水溶解氧的补充。当浮游植物过度繁殖时，遇到不正常天气，容易大量死亡和腐败，水色发黑，继而转清发臭，俗称“臭清水”，这时溶解氧大量被消耗，池水缺氧。因此，在水色过浓、水质突变前，必须及时大量换水口

　　2.水的化学指标应符合鳄龟养殖的要求池水的溶氧量保持在4-5毫克/升以上，其他指标如pH、氨、亚硝态氮等达到养殖四大家鱼的标准。

　　3.水位适中并相对稳定成鳄龟养殖池水位一般保持在1米上下，并视天气好坏而增减。过深，鳄龟在上下呼吸运动中消耗体力太大;过浅，水质多变。在正常情况下应避免水位忽高忽低，要求雨后水位不猛涨，久旱水位不锐减，保持水位恒定。

　　4.保持水温的巨定鳄龟生长适温范围是25-35℃，而最适水温为30℃。在加温养殖时，保持和稳定鳄龟在适宜生长水温下十分重要，因为鳄龟已经习惯于高温、恒的环境，对温度的波动特别敏感，随着个体的长大，到成鳄龟养殖阶段对温度的敏感性也随之增强。所以，即使是常温露天池养殖，也要依照季节的变化及时控制水位来调节水温，早春、晚秋气温不稳定时，适当加深水位，防止水温的频繁、急剧的变化;初夏季节当水温达25℃时，应适当降低水位，使水温尽快达到适温范围;盛夏季节当水温达35℃左右时，对鳄龟的生长不利，应及时加深水位到1.5米左右。另外，池塘四周还可以种植一些挺水植物，以利鳄龟消暑降温。

　　5.充气、换水和池水消毒在高密度集约化养殖时，池水容易缺氧，产生有害物质、有毒气体，应用充气增氧措施，加速有害气体的逸出，净化了水质。由于鳄龟喜静怕闹，一般的叶轮式、水车式增氧机都不太适用，生产上大多采用空气泵或鼓风机充气。水质恶化后，有毒物质的去除和养殖生态环境的改善还必须通过换水来实现，应天天换水。但过多的换水，水过分清澈，鳄龟容易受惊，而且能耗过大。因此通常在高温季节2天换水1次，每次换水20-30厘米，水温25-28℃的季节每周换水1次，其他季节少换或不换。

　　由于鳄龟池不像鱼池那样，每年可以清塘消毒，因此定期对池水消毒是控制、消灭病原体的主要措施。无论哪种养殖方式，经济有效的方法是每隔15-20天生石灰和漂白粉交替使用，每667平方米(水深1米)生石灰用量30-40千克，漂白粉(有效氯30%左右)1.3-2.0千克。